Ústavní soud posuzoval otázku, kterou správní soudy v minulosti posuzovaly v neprospěch daňových subjektů, resp. je předmětem probíhajícího řízení před SDEU, jež spočívala v tom, zda je správce daně oprávněn do okamžiku vyměření zadržovat celý daňovým subjektem nárokovaný nadměrný odpočet na DPH, nebo zda může zadržovat toliko jeho část, odpovídající plnění, o nichž existují důvodné pochybnosti.
Ústavní soud rozhodl, že správce daně nemá pravomoc zadržovat nespornou část nadměrného odpočtu odvozenou od těch přijatých zdanitelných plnění, která jsou nesporná. V dané souvislosti byl Ústavní soud i názoru, že případná kladná odpověď Soudního dvora, tj, že pozdržení vyměření nesporné části nárokovaného odpočtu do okamžiku vyměření uplatňovaného odpočtu u všech přijatých zdanitelných plnění v daném zdaňovacím období je v souladu s unijním právem, nemá vliv na shora uvedené posouzení ústavnosti postupu správce daně, tudíž nepovažoval za potřebné vyčkat se svým rozhodnutím na odpověď Soudního dvora.