Stěžovatelka podala přiznání k DPH, v němž vykázala nadměrný odpočet. Správce daně zahájil postup k odstranění pochybností, na jehož základě vyměřil nižší než tvrzený nadměrný odpočet, který stěžovatelce poté vyplatil. Stěžovatelka podala vůči platebnímu výměru na nižší odpočet odvolání, které bylo zamítnuto. Na základě podané žaloby krajský soud shledal, že platební výměr byl vydán po uplynutí lhůty pro stanovení daně. Odvolací orgán následně zrušil platební výměr a stěžovatelce byl vyplacen rozdíl, jež zbýval do jí původně tvrzeného nadměrného odpočtu, který správce daně považoval za konkludentně vyměřený na základě daňového přiznání. Stěžovatelce byl následně přiznán úrok z vratitelného přeplatku dle § 155 odst. 5 DŘ z důvodu, že jí byl nadměrný odpočet vrácen po marném uplynutí 30denní zákonné lhůty pro jeho vrácení. Stěžovatelka nicméně nárokovala přiznání úroku dle § 254 odst. 1 DŘ, čemuž správce nevyhověl s tím, že úrok z neoprávněného jednání správce daně je vázán na zrušení rozhodnutí z důvodu jeho nezákonnosti či nicotnosti. Žalobu nárokující přiznání úroku dle § 254 odst. 1 DŘ krajský soud zamítl, neboť nadměrný odpočet byl vyměřen ve výši tvrzené stěžovatelkou dnem, kdy správci daně došlo daňové přiznání, proto jí náleží pouze úrok z vratitelného přeplatku dle § 155 odst. 5 DŘ, a ne úrok z neoprávněného jednání správce.
NSS shrnul, že nadměrný odpočet nebyl pravomocně vyměřen na základě postupu k odstranění pochybností, neboť na tento postup musí být nahlíženo, jako by nikdy nebyl zahájen, tj. nevyvolal žádné účinky (viz. závěry ÚS I. ÚS 3244/09). Správce daně tedy na nadměrný odpočet oprávněně hleděl jako na stanovený v souladu s daňovým přiznáním. Tomuto výkladu není na překážku skutečnost, že ve větě první za středníkem § 140 odst. 1 DŘ se výslovně vylučuje možnost konkludentního vyměření daně v případě, že byl zahájen postup k odstranění pochybností. Zahájený, avšak včas neskončený postup k odstranění pochybností, musí být považován za „nicotný“ (což někdy může vyústit i v neoprávněnou výhodu pro daňový subjekt). Aby mohla vzniknout zákonem předpokládaná překážka konkludentnímu vyměření, musí dojít k zákonem předvídanému následku zahájení postupu k odstranění pochybností, tj. jeho zákonnému ukončení. Z důvodu, že došlo k uplynutí lhůty pro stanovení daně, správce daně ztratil pravomoc daňovému subjektu daň stanovit. V takovém případě postup k odstranění pochybností nevyvolal zákonem předvídané právní následky, které jsou důvodem pro existenci překážky konkludentního vyměření daně. Na postup k odstranění pochybností je potřeba hledět, jako by nebyl vůbec zahájen, neboť v takovém případě neexistuje jiný podklad pro stanovení daně, než je daňové tvrzení daňového subjektu. Nebyl-li postup k odstranění pochybností zahájen, tj. byl „nicotný“, pak důvodem pro vznik újmy daňového subjektu nemohlo být nezákonné rozhodnutí správce daně, nýbrž prodlení správce daně s výplatou vratitelného přeplatku, který byl konkludentně stanoven v souladu s tvrzením daňového subjektu. Není pak možné, aby daňovému subjektu za stejné období příslušel jak úrok z vratitelného přeplatku, tak úrok z nezákonného postupu správce daně, neboť tyto nároky se vzájemně vylučují.
Pátý senát v rozsudku 5 Afs 57/2021 ‑ 31 dospěl k závěru, že objektivní lhůta brání stanovení daně, ale není absolutní překážkou pro vydání jakéhokoliv rozhodnutí v daňovém řízení.
Následně ve věci 1 Afs 231/2022 – 31 se první senát ztotožnil s názorem druhého senátu, tj. že ke konkludentnímu vyměření daně dochází automaticky k okamžiku uplynutí lhůty pro stanovení daně zpětně podle pravidel v § 140 odst. 2 DŘ, nicméně s ohledem na spor mezi druhým a pátým senátem, tedy zda se lze nadále řídit nálezem ÚS a vycházet z něj i při aplikaci DŘ, se první senát rozhodl postoupit následující otázku k posouzení RS „Jestliže z důvodu uplynutí lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu nevyvolá postup k odstranění pochybností žádné účinky, a ke stanovení daně má tudíž dojít v souladu s tvrzením daňového subjektu podle § 140 odst. 1 věty první daňového řádu, k jakému okamžiku a jakým způsobem dochází k vyměření daně? Je nutné, aby správce daně platební výměr vydal, nebo dochází k vyměření daně automaticky?“
Doplňující informace:
Sbírka rozhodnutí: 4/2023
Rozšířený senát: NE
Tuzemská zákonná úprava: § 140 odst. 1, § 155 odst. 5 a § 254 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád